El Monasterio de San Benito de Estella tiene su origen junto a las orillas del Ega, en un frondoso valle, gozando siempre del silencio y soledad tan favorables para la vida monástica contemplativa.
Según la tradición fue fundado por los reyes de Navarra al principio del siglo X, al mismo tiempo que se construía la ciudad de Estella.
El primer documento histórico en el que se nombra es el testamento del rey Teobaldo II de Navarra de 1268.
En 1616, Fray Prudencio de Sandoval, monje de Santa María la Real de Nájera y Obispo de Pamplona lo restauró, edificando la Iglesia de nueva planta y ampliando sus terrenos con una hermosa huerta.
Desde esta fecha de la restauración empezó una era de prosperidad espiritual y material.
Más tarde, en 1808, nuestra comunidad dio hospitalidad a las monjas canonisas de San Pedro, cuyo Monasterio de Pamplona estaba ocupado por las tropas francesas. Las dos comunidades vivieron en fraternal armonía.
También dieron nuestras monjas acogida a las Clarisas de Estella en 1833, cuando la primera guerra carlista.
Al año siguiente fue nuestra comunidad la que recibió acogida por nuestros hermanos de Irache que cedieron parte del Monasterio para las monjas. Y en 1835 vuelven a emigrar refugiándose en la Abadía de Iranzu.
Pasadas estas agitaciones regresaron al Monasterio y pueden seguir en paz su vida de oración y trabajo.
De 1960 a 1971, la Comunidad asume la dirección de un pequeño colegio de enseñanza primaria. Trabajo que realiza como respuesta a la necesidad y petición del pueblo.
En 1971, y dado el estado ruinoso del Monasterio, la comunidad decide su traslado a un nuevo edificio, hasta entonces Casa de Ejercicios, situado en la colina del Puy, donde reside actualmente a la sombra del Santuario de Nuestra Señora.